日本税制研究所

はしがき

 

　近年、医療法人の法制と税制の見直しが続いています。

 

　平成19年から施行された第５次医療法改正においては、株式会社の医療参入の阻止や非営利性の形骸化見直しの観点から、医療法人の解散時残余財産を出資者に帰属させないとする改正や公益性が高い医療を担う社会医療法人制度の創設などがなされ、50年以上経過した医療法人制度が抜本的に見直されています。

 

　また、平成20年の税制改正においては、医療法人が設立の際に受ける寄附金が法人税の課税対象とならないこと、公益法人である社会医療法人が行う医療保険業が収益事業から除外されること、贈与税の納税義務が生ずる法人に医療法人が含まれることなど、医療法人に関係する大きな改正が行われるとともに、公益法人制度改革に伴う税制措置が講じられたところです。

 

　このような近年の法制と税制の大きな改正により、医療法人においては、法務と税務が益々重要な課題となってきました。

 

　しかしながら、医療法人の法務と税務に関しては、従来、その疑問点等に十分な回答を与える書籍等が存在しておらず、実務においては、これらの疑問点等を解決しないまま行われている状況でした。

 

　このような事情を考慮し、医療法人の法務と税務に関するさまざまな疑問点等に適切な回答を示すことを企図して、この度、本書を起稿することとしたわけです。

 

　本書においては、佐々木克典税理士をはじめとして医療法人の法務と税務に関する実務経験が豊富な執筆陣が、医療法人の実務において生ずる多くの疑問点等を抽出し、その疑問点等に対して、医療法をはじめとする関係法令や各種通知等を踏まえ、深度ある検討を行い、充実した内容の回答を提示しています。

 

　このため、本書は、医療法人の法務と税務の実務に携わる皆様方の良き参考書となっているものと考えます。

 

　ただし、初版である本書には、実務における疑問点等を十分に拾いきれていないなど、未だ足りないところもあるかと思われます。そのような部分に関しては、読者の皆様方からご教授を賜りつつ、内容を充実させていきたいと考えておりますので、お気付きの点がございましたら、日本税制研究所又は執筆者にお知らせ頂きたくお願い申し上げます。

 

　最後になりましたが、本書の出版にご協力頂いた法令出版の皆様方に、厚く御礼を申し上げます。

 

　日本税制研究所　代表理事
　税理士法人 アクト22　代表社員　朝長英樹

目　　　次

 

第Ⅰ部　医療法人の法務

第１章　医療法人制度の沿革　２
　第１節　医療法人制度の沿革　２
　第２節　経過措置型医療法人と新設医療法人の差異　113
　第３節　医療法人制度が改正された理由　114
　第４節　非営利の意味　116
第２章　医療法人の種類　 120
　第１節　医療法人の種類　120
　第２節　特例民法法人と医療法人の違い　194
第３章　医療法人の設立　196
　第１節　定款の作成　196
　第２節　社員・理事・監事・評議員の選任　197
　第３節　名称の制定　　200
　第４節　設立時の財産　202
　第５節　債務の承継　205
　第６節　リースの承継　212
　第７節　業務範囲　215
　第８節　附帯業務　217
　第９節　認可と許可の違い　223
　第10節　保有資産と20％基準の廃止　224
　第11節　出資と基金　225
第４章　医療法人の組織　236
　第１節　医療法人の組織の概要　236
　第２節　社団医療法人の組織　236
　第３節　財団医療法人の組織　242
　第４節　特定医療法人の組織　243
第５章　医療法人の運営　244
　第１節　社員総会議事録の作り方　244
　第２節　理事会議事録の作り方　265
　第３節　評議員会議事録の作り方　270
　第４節　事業報告書等の作成　278
　第５節　定款・寄附行為の変更　296
　第６節　利益相反取引と特別代理人選任　303
第６章　医療法人の事業譲渡・合併・解散等　306
　第１節　事業譲渡　306
　第２節　合併　308
　第３節　解散　310
　第４節　出資持分の移動　312
　第５節　出資持分の定めをなくす定款変更　313
　第６節　出資持分の定めに関する定款変更　315
　第７節　退社払戻し　317
第７章　医療法人の会計　320
　第１節　医療法人の会計制度の概要　320
　第２節　事業報告書等　322
　第３節　病院会計準則　324
　第４節　科目の並べ替え比較　384
　第５節　介護事業経営実態調査表　385
　第６節　社会医療法人債発行法人会計基準　386
　第７節　指定老人訪問看護の事業及び指定訪問看護の事業の会計経理準則　387
　第８節　介護老人保健施設会計・経理準則　388

第Ⅱ部　医療法人の税務

第１章　医療法人税制の沿革　444
　第１節　医療法人制度の創設（昭和25年）　444
　第２節　医療法人の贈与税課税制定（昭和27年）　445
　第３節　医療法人への寄附に対する非課税基準制定（昭和38年）　446
　第４節　特定医療法人制度の創設（昭和39年）　447
　第５節　常勤医師数制限の撤廃（昭和61年）　448
　第６節　出資額限度法人の定款例策定（平成７年）　449
　第７節　特別医療法人制度の創設（平成10年）　450
　第８節　特定医療法人の継続申請制度の制定（平成15年）　451
　第９節　出資額限度法人税制の明確化（平成16年）　452
　第10節　特別医療法人の移行時非課税の明確化（平成17年）　453
　第11節　持分の定めのある社団制度の廃止（平成19年）　454
　第12節　医療法施行に伴う税制改正（平成20年）　456
第２章　医療法人の法人税　458
　第１節　法人税法上の法人の種類　458
　第２節　医療法人の資本等　459
　第３節　所得金額の計算　462
　第４節　収益の計上時期　463
　第５節　未収入金の貸倒れ計上　470
　第６節　役員報酬・給与・退職給与　473
　第７節　特別償却・税額控除　483
　第８節　医療法人の負担する会費等　513
　第９節　産業医の報酬　515
　第10節　社会保険診療の所得計算の特例　516
　第11節　税率　519
　第12節　持分の定めのない医療法人の所得計算の取扱い　521
　第13節　特定医療法人・特別医療法人の取扱い　524
　第14節　社会医療法人の取扱い　562
　第15節　新法医療法人の設立等　571
　第16節　持分の定めをなくす定款変更　573
　第17節　合併等組織再編成　581
　第18節　事業譲渡・現物出資　594
　第19節　解散　597
　第20節　休眠法人を取得した場合の税務　599
　第21節　基金返還の場合の課税　600
第３章　医療法人の消費税　604
　第１節　医療法人の消費税申告の特徴　604
　第２節　課税取引と非課税取引　605
　第３節　医療法人と仕入れに係る消費税　623
　第４節　指定管理者と消費税　627
　第５節　特定収入と消費税　628
　第６節　控除対象外消費税　629
　第７節　総額表示　631
第４章　医療法人の所得税　632
　第１節　給与　632
　第２節　経過措置型医療法人のみなし配当・出資持分の譲渡　641
　第３節　医療法人税制の設立・移行総括表　644
　第４節　新法医療法人の設立に伴い拠出した財産の取扱い　646

　第５節　経過措置型医療法人の持分の定めのない社団医療法人への移行の取扱い　650

第５章　医療法人の相続税・贈与税　652
　第１節　医療法人の相続税・贈与税の概要　652
　第２節　経過措置型医療法人等の相続の取扱い　660
　第３節　医療法人の設立の際の取扱い　682
　第４節　経過措置型医療法人の持分の定めのない医療法人への移行の取扱い　684
　第５節　持分の定めのない医療法人への移行事例と課税関係　690
　第６節　小規模宅地等の減額特例（特定同族会社事業用宅地等）　697
　第７節　その他の取扱い　699
第６章　医療法人の印紙税　702
　第１節　基本的な取扱い　702
　第２節　課税文書の主な留意点　704
第７章　医療法人の地方税　712
　第１節　事業税　712
　第２節　事業所税　725
　第３節　固定資産税　726
　第４節　住民税　727
　第５節　不動産取得税　728

＜資料等一覧＞

 

【資料１】医療法の一部を改正する法律の施行に関する件（昭和25年８月２日厚生省発医第98号各都道府県知事宛厚生事務次官通知）　８

【資料２】医療法の一部改正について（昭和60年12月27日厚生省発健政第112号各都道府県知事宛厚生事務次官通知）　10

【資料３】医療法の一部改正について（平成４年７月１日厚生省発健政第82号各都道府県知事宛厚生事務次官通知）　14

【資料４】医療法の一部を改正する法律の一部の施行について（平成４年７月１日健政発第418号各都道府県知事宛厚生省健康政策局長通知）　18

【資料５】医療法の一部改正について（平成９年12月26日厚生省発健政第232号各都道府県知事宛厚生事務次官通知）　20

【資料６】医療法人制度について（平成19年３月30日医政発第0330049号各都道府県知事宛厚生労働省医政局長通知）　25

【資料７】医療機関の開設者の確認及び非営利性の確認について（平成５年２月３総第５号・指第９号厚生省健康政策局総務課長・厚生省健康政策局指導課長通知）　117

【資料８】医療法人の種類　120

【資料９】医療法42条の２の１項５号に掲げる厚生労働大臣が定める基準について　128

【資料10】医療法42条の２の１項６号に掲げる公的な運営に関する厚生労働省令で定める要件について　135

【資料11】社会医療法人の認定申請等関係書類　139

【資料12－①】種類別医療法人数の年次推移　190
【資料12－②】都道府県別医療法人数　192

【資料13】医療法人に対する出資又は寄附について（平成３年１月17日指第１号東京弁護士会会長宛厚生省健康政策局指導課長回答）　199

【資料14】医療法人の開設する病院等の名称について（平成３年２月26日指第12号香川県衛生部長宛厚生省健康政策局指導課長回答）　200

【資料15】医療機関の非営利性の確認と名称について（平成10年10月９日総第28号・指第63号各都道府県衛生主管部（局）長宛厚生省健康政策局総務課長・厚生省健康政策局指導課長通知）　201

【資料16】賃貸借契約に関する覚書（記入例）　203
【資料17】設立時の負債内訳書（記入例）等　206
【資料18】リース物件一覧表（記入例）等　213

【資料19】医療法人の基金について（平成19年３月30日医政発第0330051各都道府県知事宛厚生労働省医政局長通知）　227

【資料20】医療法人の理事要件等について　240
【資料21】社員名簿・役員名簿　252
【資料22】医療法人運営管理指導要綱　253

【資料23】医療法人における事業報告書等の様式について（平成19年３月30日医政指発第0330003号厚生労働省医政局指導課長通知）　283

【資料24】医療法人の定款（寄附行為）変更認可申請書　298
【資料25】医療法人の登記事項の届出書　299

【資料26】行政手続法の施行に伴う審査基準等の設定について（平成６年10月31日健政発第782号各都道府県知事宛厚生省健康政策局長通知）　300

【資料27】特別代理人申請の必要書類例　303
【資料28】特別代理人選任申請書　305

【資料29】いわゆる「出資額限度法人」について（平成16年８月13日医政発第0813001号厚生労働省医政局長通知）　316

【資料30】医療法人の社員の退社について（平成３年10月30日指第70号福岡県弁護士会会長宛厚生省健康政策局指導課長回答）　318

【資料31】病院会計準則の改正について（平成16年８月19日医政発第0819001号各都道府県知事宛厚生労働省医政局長通知）　327

【資料32】病院会計準則適用ガイドラインについて（平成16年９月10日医政発第0910002号各都道府県知事宛厚生労働省医政局長通知）　367

【資料33】各会計・経理準則における勘定科目の相違　384

【資料34】規制改革についての見解（平成12年12月12日・行政改革推進本部規制改革委員会）　455

【資料35】医療法人に対する中小企業者等の機械の特別償却の適用について　485
【資料36】特定医療法人の承認タイムスケジュール例（３月決算の場合）　527
【資料37】特定医療法人の要件を満たす施設を開設していることの証明願　529
【資料38】事前審査時に用意する書類一覧　533
【資料39】付表１の収入区分　549
【資料40】厚生局に提出する書類一覧　550
【資料41】変更・異動届出書　559
【資料42】特定医療法人の承認申請の承認通知書　561
【資料43】社会医療法人認定申請書　563
【資料44】社会医療法人の認定の取消について　564
【資料45】特定普通法人が公益法人等になる場合の税制上の取扱い　566
【資料46】社会医療法人の認定に関する届出書　567
【資料47】特定公益法人等が普通法人となる場合の税制上の取扱い　568
【資料48】特定医療法人の法人税率の特例の適用の取りやめの届出書　570

【資料49】消費税法の改正について（平成３年６月19日健政発第362号各都道府県・各指定都市衛生主管部（局）長宛厚生省健康政策局長通知）　611

【資料50】医療法人税制（現物拠出・移行関係総括表）　645
【資料51】医療法人（その他の産業で小売業・サービス業）の法人区分早見表　662
【資料52】評価明細書の記載要領等　666
【資料53】課税物件一覧表　707
【資料54】医療法人等の社会保険診療報酬に係る所得の課税除外　713
【資料55】医療法人等に係る所得金額の計算書　716
【資料56】医療法人等に係る所得金額の計算書（記載の手引き）　717

 

【参考法令】
１　医療法（昭和二十三年七月三十日法律第二百五号）（抄）　390
２　医療法施行令（昭和二十三年十月二十七日政令第三百二十六号）（抄）　412
３　医療法施行規則　　（昭和二十三年十一月五日厚生省令第五十号）（抄）　427

 

【役員退職金Ｑ＆Ａ】

Ｑ１　理事長兼院長が、理事長と院長を退職し、常勤医師となった場合に、役員退職金の損金算入が認められるか。　478

Ｑ２　理事長兼院長が、理事長と院長を退職し、常勤医師になり、給料を50％以下とした場合に、役員退職金の損金算入が認められるか。　481

Ｑ３　理事長兼院長が、理事長と院長を退職し、非常勤医師となった場合に、役員退職金の損金算入が認められるか。　481

Ｑ４　常勤医師が理事となった場合に、常勤医師であった期間の退職金の損金算入が認められるか。　482